> DIO/ Calcul/ Logiciels pour la grappe de calcul

Introduction

Nous vous donnons ici la liste des logiciels installés sur la grappe de calcul. Comme indiqué dans cette page, nous vous invitons fortement à utiliser la grappe à partir du frontal tycho en utilisant le système de soumission de jobs. Cela permet de mieux répartir les jobs que vous lancez, ce qui optimise pour tout le monde l'utilisation des ressources de calcul.

Les compilateurs

Nous rappelons qu'il faut faire la compilation sur le frontal à savoir tycho et non sur les noeuds de calcul.

Les compilateurs C/C++

Nom Version / Commande
gcc, g++ 6.3.0 / gcc
icc 19.0.1

Les compilateurs Fortran

Nom Version / Commande
GNU Fortran 6.3.0 / gfortran ou f95
Intel Fortran 19.0.1 / ifort
NAGWare Fortran V6.0 / f95.nag

Le compilateur NAGWare Fortran n'est disponible que sur la machine nag-server pour une raison de licence et pour les utilisateurs du groupe nag.

Pour les compilateurs INTEL nous disposons de 2 jetons fortran/C++ pour linux et 2 jetons fortran pour Mac. Pour utiliser ces jetons il faut renseigner la variable INTEL_LICENSE_FILE (export INTEL_LICENSE_FILE=28519@jetons.obspm.fr)

Pour l'installation du compilateur INTEL sur votre poste de travail, vous devez télécharger le fichier pour votre type de machine dans http://dio.obspm.fr/interne/logiciels/intel/

Logiciels de traitement de données

Voici la liste (non exhaustive) des logiciels installés

Nom Version
GDL 0.9.8
gildas oct18b
gnuplot 4.6.0-8
IDL 8.7
iraf V2.16
Mathematica 11.3.0
Matlab R2018b
molpro 2015.1
midas 17FEB
R 3.5.1
sage 7.4.9
supermongo 2.4.13

Informations sur certains logiciels gratuits

Iraf

  • Nom :iraf (Image Reduction Analysis Facility)
  • Version :2.16
  • Commandes :

    • cl (commande language)
  • Liens : http://iraf.noao.edu/.

Les packages externes (mscred, ctio, fitsutil, nmisc etc ...) et les contributions (x11iraf v3.1, stsdas/tables v3.0 etc ...) sont disponibles grâce au ftp anonyme, ftp iraf.noao.edu, dans les répertoires iraf/extern et iref/contrib.

Les "packages" installés à ce jour sont :

color. dataio. images. mscred. plot. stsdas. utilities. crutil. dbms. language. noao. proto. system. xdimsum. ctio. esowfi. lists. obsolete. softools. tables. xray.

Gildas

Midas

Attention aux noms des fichiers que vous traitez avec Midas : si un nom de fichier contient des caractères interprétés par midas (par exemple "-" veut dire "moins", meme s'il est dans un nom de fichier), renommer le fichier:

 mv toto-1025.bdf toto_1025.bdf

et tout ira bien :-)

GDL

Les librairies disponibles sont :

  • la lib. en "*.pro" de GDL qui reprend en code GPL une partie de la lib. en "*.pro" d'IDL
  • AstronLib (compatible GDL et IDL): http://idlastro.gsfc.nasa.gov/homepage.html. Librairie très utilisée en astronomie.
  • CMSV lib (compatible GDL et IDL) http://cow.physics.wisc.edu/\~craigm/idl/cmsave.html. Cette librairie permet d'avoir SAVE/RESTORE en GDL. Les fichiers écrits ainsi sont compatibles IDL, ceux écrits en IDL sont relisibles en GDL (sauf certaines options exotiques). A noter que certains options du SAVE IDL ne sont pas disponibles (/all) et que ce SAVE (CMSV) apporte des extensions telles /append .
  • MP fit (compatible GDL et IDL) http://cow.physics.wisc.edu/\~craigm/idl/fitting.html. Très intéressante librairie de fit permettant de rajouter des bornes, flagguer des variables, ...
  • la lib. en "*.pro" d'IDL, globalement compatible GDL

Sage

Alternative viable libre et open source Magma, Maple, Mathematica et Matlab

Informations sur les logiciels payants

Trois logiciels payants sont proposés et utilisés via un système de jetons flottants en nombre naturellement limité. Il est donc important lorsque vous utilisez ces logiciels de bien regarder leur disponibilité sur cette page Web et de quitter le logiciel dès que vous n'en avez plus usage.

Ces licences flottantes sont accessibles depuis n'importe quel ordinateur de l'Observatoire de Paris connecté au réseau.

Pour l'utilisation de ces logiciels, vous avez deux moyens : le premier (le plus performant et le plus confortable pour un fonctionnement interactif) est l'installation sur votre poste du logiciel et d'utiliser le serveur de jetons.

Une deuxième possibilité (optimale pour effectuer des traitements sans besoin d'interface graphique sur des gros volumes de données) est d'utiliser le logiciel directement sur les serveurs quadri.

IDL : Image Data Language

Pour l'installation sur votre poste, vous devez :

1/ télécharger le fichier pour votre type de machine dans http://dio.obspm.fr/interne/logiciels/idl/tar/

2/ sur Linux, exécuter :

tar -zxvf idl84linux.x86_64.tar.gz
cd idl84
./install.sh

3a/ pour les version postérieures à 8.5

Do you want to run the License Administrator? (y/n): y

Dans l'interface graphique selectionner Use License Serveur

Server = jetons.obspm.fr Port = 7070

3b/ pour les versions antérieures à 8.5

si la variable d'environnement LM_LICENSE_FILE n'est pas définie par défaut, lui affecter 1700@jetons.obspm.fr ou créer le fichier ~/.flexlmrc qui doit contenir

IDL_LMGRD_LICENSE_FILE=1700@jetons.obspm.fr

Pour les utilisateurs du LESIA, utilisez en priorité les jetons du LESIA :

more ~/.flexlmrc
IDL_LMGRD_LICENSE_FILE=1700@jetons-lesia.obspm.fr:1700@jetons.obspm.fr

Sous windows, aller dans système -> avancé -> variables d'environnement -> nouveau

nom = LM_LICENSE_FILE
valeur = 1700@jetons.obspm.fr

Attention le nombre de jetons est limité, nous demandons aux utilisateurs d'en réserver un seul à la fois. Cependant il est possible de lancer plusieurs session IDL sur une même machine en utilisant un seul jeton, pour cela il faut que la variable d'environnement DISPLAY soit identique pour toutes les sessions. Par exemple :

<tycho> ~$ echo $DISPLAY
    localhost:49.0
<tycho> ~$ lmstat -a
    ...
    username tycho tycho/localhost:37 (v8.2) (jetons.obspm.fr/1700 2189), start Wed 2/20 10:00, 6 licenses
    ...
<tycho> ~$ export DISPLAY=localhost:37
<tycho> ~$ idl

La librairie ASTRO est installée dans /usr/local/idl/lib/ASTRO

IDL va chercher les commandes dans les dossiers définis dans une variable système appelée !path, pour lister les dossiers connus d'IDL et pour en ajouter :

IDL> print, !path
IDL> !path = !path + 'le-chemin-complet-de-mon-dossier'

Tous les ans, l'UFE organise des cours IDL :

  • IDL débutant
  • IDL les widgets et l'environnemt de développement, par Jean Aboudarham

Mathematica

Pour l'installation sur votre poste, vous devez

  • télécharger le fichier pour votre type de machine Linux/Mac ou Windows dans http://dio.obspm.fr/interne/logiciels/mathematica/iso/
  • monter cette image ISO comme un CD et exécuter le script d'installation en tapant (sous Linux)

    mount -t iso9660 Mathematica_10.1.0_LINUX.iso -o loop /mnt cd /mnt/Unix/Installer ./MathInstaller

  • sous Windows pour monter l'image, vous pouvez utiliser Daemon Tools

  • sous MacOS, le montage est automatique

  • télécharger le fichier mathpass et le sauvegarder dans le dossier $MATHEMATICA/Configuration/Licensing/

Si vous avez un problème avec la touche Alt-GR sous Linux, vous devez : télécharger les fichiers MathematicaHotFixBinary32bit et MathematicaHotFixBinary64bit quitter toutes vos sessions Mathematica et exécuter :

cd $InstallationDirectory/SystemFiles/FrontEnd/Binaries/Linux-x86-64

généralement $InstallationDirectory=/usr/local/Mathematica-8.0

mv Mathematica Mathematica.old
cp MathematicaHotFixBinary64bit Mathematica
chmod 755 Mathematica
cd $InstallationDirectory/SystemFiles/FrontEnd/Binaries/Linux
mv Mathematica Mathematica.old
cp MathematicaHotFixBinary32bit Mathematica
chmod 755 Mathematica

Il est possible de faire une demande de licence utilisateur pour utiliser mathematica hors reseau. Pour cela faire une demande sur http://www.wolfram.com/siteinfo/homeuse/

Matlab

  • Nom : Matlab
  • Version : R2017a
  • Nombre de licences DIO : 13
  • Nombre de licence UPMC (IMCCE - LERMA - LESIA - SYRTE) : 18682
  • Commandes :
    • matlab -nodisplay # lance l'environnement de travail Matlab en mode texte
    • matlab # lance l'environnement de travail Matlab en mode graphique

Liens : http://www.mathworks.com

Pour l'installation sur votre poste, vous devez

  • télécharger le fichier pour votre type de machine dans http://dio.obspm.fr/interne/logiciels/matlab/iso/

  • télécharger le fichier licence.dat DIO ou UPMC et le copier dans /usr/local/matlab/etc

    mkdir /usr/local/matlab

    mkdir /usr/local/matlab/etc

    mv license.dat /usr/local/matlab/etc

monter cette image ISO comme un CD et exécuter le script d'installation en tapant (sous Linux) :

mount -t iso9660 R2017a_UNIX.iso -o loop /mnt /mnt/install

Choisir une installation manuelle :

  • Récupérer la clé d'installation pour la licence DIO ou UPMC

  • Modifier si nécessaire le répertoire où doit être installé matlab :

si nécessaire, et si la variable d'environnement LM_LICENSE_FILE n'est pas définie par défaut lui affecter , 27000@jetons.obspm.fr ou 27000@jetons-upmc-p.obspm.fr

En plus des 8 licences flottantes nous disposons

  • pour la DIO des licences pour les toolbox ci-dessous :

    • 2 SIMULINK
    • 1 Filter_Design_Toolbox
    • 1 Fixed_Point_Toolbox
    • 1 Image_Toolbox
    • 1 MAP_Toolbox
    • 2 Neural_Network_Toolbox
    • 2 Optimization_Toolbox
    • 1 Signal_Toolbox
    • 2 Statistics_Toolbox
    • 2 Symbolic_Toolbox
  • pour l'UPMC 18682 pour les toolbox ci-dessous :

    • SIMULINK, Bioinformatics_Toolbox, Communication_Toolbox, Video_and_Image_Blockset, Control_Toolbox, Curve_Fitting_Toolbox, Signal_Blocks, Data_Acq_Toolbox, Database_Toolbox, Econometrics_Toolbox, RTW_Embedded_Coder, Filter_Design_HDL_Coder, Fin_Instruments_Toolbox, Financial_Toolbox, Fixed_Point_Toolbox, Fuzzy_Toolbox, GADS_Toolbox, Simulink_HDL_Coder, EDA_Simulator_Link, Image_Acquisition_Toolbox, Image_Toolbox, Instr_Control_Toolbox, LTE_Toolbox, MATLAB_Excel_Builder, MATLAB_Builder_for_Java, MATLAB_Builder_for_dot_Net, MATLAB_Coder, Compiler, MAP_Toolbox, MPC_Toolbox, Neural_Network_Toolbox, Optimization_Toolbox, Distrib_Computing_Toolbox, PDE_Toolbox, RF_Toolbox, Real-Time_Win_Target, Robust_Toolbox, Signal_Toolbox, SimBiology, SimDriveline, SimElectronics, SimHydraulics, SimMechanics, Power_System_Blocks, RF_Blockset, Simscape, Virtual_Reality_Toolbox, Real-Time_Workshop, Simulink_Control_Design, Simulink_Design_Optim, XPC_Target, SL_Verification_Validation, Excel_Link, Stateflow, Statistics_Toolbox, Symbolic_Toolbox, Identification_Toolbox, Trading_Toolbox, Wavelet_Toolbox

Yourkit

  • Nom : Yourkit
  • Version : 2017.02
  • Nombre de licences : illimitées

Pour l'installation sur votre poste, vous devez

Liste des bibliothèques installées

Nom Version
Atlas 3.8.4-9
blas 1.2.20
fftw 3.3.2-3.1
gsl 1.15
lapack 3.4.1
nag 5.2
pgplot 5.2.2-19

Si les outils dont vous avez besoin ne sont pas disponibles, signalez-le par mail à la DIO.

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