Les logiciels scientifiques

Sommaire

1 - Introduction

Nous vous donnons ici la liste des logiciels installés sur la grappe de calcul. Comme indiqué dans cette page, nous vous invitons fortement à utiliser les quadri à partir du frontal siolino en utilisant le système de soumission de jobs. Cela permet de mieux répartir les jobs que vous lancez, ce qui optimise pour tout le monde l'utilisation des ressources de calcul.

2 - Les compilateurs

Nous rappelons qu'il faut faire la compilation sur le frontal à savoir siolino et non sur les quadri.

Les compilateurs C/C++

Nom

Version / Commande

gcc, g++ 4.4.5 / gcc ou gcc-4.4
4.3.5 / gcc-4.3
Pathscale 4.0.10 / pathcc
Les compilateurs Fortran

Nom

Version / Commande

GNU Fortran 4.4.5 / gfortran ou f95
Intel Fortran 12.0.5 / ifort

Absoft Fortran

10.1 64-bit / f90
NAGWare Fortran V5.1 / f95.nag
Pathscale 4.0.10 / pathf90
Le compilateur NAGWare Fortran n'est disponible que sur la machine quadri5 pour une raison de licence
3 - Logiciels de traitement de données

Voici la liste (non exhaustive) des logiciels installés

Nom

Version

ds9

4.12

GDL

0.9rc2

gildas

feb09c

grace

5.1.20-5

gnuplot

4.2

IDL

8.0

iraf

V2.12

Mathematica

8.0.1

Matlab

R2012a

molpro

2006.1

midas

07FEBpl1.1

pgplot

5.2.2-8

supermongo

2.4.13

yorick

2.1

4 - Informations sur certains logiciels gratuits


Iraf

  • Nom :iraf (Image Reduction Analysis Facility)
  • Version :2.12.2
  • Commandes :
    • cl (commande language)
  • Liens : http://iraf.noao.edu/.

Les packages externes (mscred, ctio, fitsutil, nmisc etc ...) et les contributions (x11iraf v3.1, stsdas/tables v3.0 etc ...) sont disponibles grâce au ftp anonyme, ftp iraf.noao.edu, dans les répertoires iraf/extern et iref/contrib.

Les "packages" installés à ce jour sont : color. dataio. images. mscred. plot. stsdas. utilities. crutil. dbms. language. noao. proto. system. xdimsum. ctio. esowfi. lists. obsolete. softools. tables. xray.

Gildas
Midas

Attention aux noms des fichiers que vous traitez avec Midas : si un nom de fichier contient des caractères interprétés par midas (par exemple "-" veut dire "moins", meme s'il est dans un nom de fichier), renommer le fichier:
 mv toto-1025.bdf toto_1025.bdf
et tout ira bien :-)
GDL

Les librairies disponibles sont :

5 - Informations sur les logiciels payants

Trois logiciels payants sont proposés et utilisés via un système de jetons flottants en nombre naturellement limité. Il est donc important lorsque vous utilisez ces logiciels de bien regarder leur disponibilité sur cette page Web et de quitter le logiciel dès que vous n'en avez plus usage.

Ces licences flottantes sont accessibles depuis n'importe quel ordinateur de l'Observatoire de Paris connecté au réseau.

Pour l'utilisation de ces logiciels, vous avez deux moyens : le premier (le plus performant et le plus confortable pour un fonctionnement interactif) est l'installation sur votre poste du logiciel et d'utiliser le serveur de jetons.

Une deuxième possibilité (optimale pour effectuer des traitements sans besoin d'interface graphique sur des gros volumes de données) est d'utiliser le logiciel directement sur les serveurs quadri

IDL : Image Data Language
  • Nom : IDL
  • Version : 8.0
  • Nombre de licences : 15
  • Commandes :
    • idl : lance l'environnement de travail IDL en mode ligne
    • idlde : lance l'environnement de développement IDL en mode multi-fenêtrage
    • idldemo: lance l'interface de démonstration d'applications développées en IDL.
    • idlman : lance la lecture des fichiers d'aide au format pdf
    • idhelp : lance les aides de IDL (en mode graphique)
  • Liens : http://www.ittvis.com/

Pour l'installation sur votre poste, vous devez

La librairie ASTRO est installée dans /usr/local/idl/lib/ASTRO

IDL va chercher les commandes dans les dossiers définis dans une variable système appelée !path, pour lister les dossiers connus d'IDL et pour en ajouter :
IDL> print, !path
IDL> !path = !path + 'le-chemin-complet-de-mon-dossier'

Tous les ans, l'UFE organise des cours IDL :

Mathematica

Pour l'installation sur votre poste, vous devez

Si vous avez un problème avec la touche Alt-GR sous Linux, vous devez :
  1. télécharger les fichiers MathematicaHotFixBinary32bit et MathematicaHotFixBinary64bit
  2. quitter toutes vos sessions Mathematica
  3. exécuter :
    cd $InstallationDirectory/SystemFiles/FrontEnd/Binaries/Linux-x86-64
    généralement $InstallationDirectory=/usr/local/Mathematica-8.0
    mv Mathematica Mathematica.old
    cp MathematicaHotFixBinary64bit Mathematica
    chmod 755 Mathematica
    cd $InstallationDirectory/SystemFiles/FrontEnd/Binaries/Linux
    mv Mathematica Mathematica.old
    cp MathematicaHotFixBinary32bit Mathematica
    chmod 755 Mathematica
Matlab
  • Nom : Matlab
  • Version : R2012a
  • Nombre de licences : 13
  • Commandes :
    • matlab -nodisplay : lance l'environnement de travail Matlab en mode texte
    • matlab : lance l'environnement de travail Matlab en mode graphique
  • Liens : http://www.mathworks.com

Pour l'installation sur votre poste, vous devez

  1. télécharger le fichier pour votre type de machine dans http://dio.obspm.fr/interne/logiciels/matlab/iso/
  2. télécharger le fichier licence.dat et le copier dans /usr/local/matlab/etc
    mkdir /usr/local/matlab
    mkdir /usr/local/matlab/etc
    mv license.dat /usr/local/matlab/etc
    
  3. monter cette image ISO comme un CD et exécuter le script d'installation en tapant (sous Linux) :
    mount -t iso9660 R2012a_UNIX.iso -o loop /mnt /mnt/install
    Choisir une installation manuelle : copie d'écran de Matlab
    Récupérer la clé d'installation copie d'écran de Matlab
    Modifier si nécessaire le répertoire où doit être installé matlab : copie d'écran de Matlab
  4. si nésssaire, et si la variable d'environnement LM_LICENSE_FILE n'est pas définie par défaut lui affecter , 27000@jetons.obspm.fr

En plus des 8 licences flottantes nous disposons des licences pour les toolbox ci-dessous :

6 - Liste des bibliothèques installées

Nom

Version

Atlas

3.6.0-20.6

blas

1.2-8

fftw

2.1.3-20

gsl

1.8-2

lapack

3.0.20000531a-6

nag

5.1

pgplot

5.2.8

Si les outils dont vous avez besoin ne sont pas disponibles, signalez-le par mail à la DIO.

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