Description générale

Présentation du service

La DIO met à la disposition des utilisateurs un serveur de calcul ARM : Armstrong

L'accès à cette machine est ouvert à tous les membres de l'Observatoire

Nous invitons tous les utilisateurs à lire les paragraphes ci-dessous et à suivre ces recommandations. Pour une utilisation optimale de cette machine les utilisateurs doivent soumettre leurs jobs via le système de gestionnaire de tâches SLURM (Simple Linux Utility for Resource Management).

Description et caractéristiques techniques de la machine

128 coeurs Ampere(R) Altra(R) Max Processor 3.00GHz

1 To de mémoire partagée entre les coeurs

Le répertoire home est celui de la grappe tycho

• sauvegarde une fois par jour, en rotation sur 14 occurrences
• à utiliser pour y mettre les fichiers produits par l'utilisateur lui-même : fichiers bureautiques, programmes, scripts, etc... En bref tout ce qui n'est pas reproductible par calcul ou traitement, et qui a beaucoup de valeur
• quota de 30 Go

De même, /data et /poubelle sont ceux de tycho.

Le gestionnaire de tâches SLURM

Pour une utilisation optimale des ressources de la machine vous devez utiliser le gestionnaire de taches SLURM que ce soit pour travailler de manière interactive ou batch.

Une queue de soumission est disponible.

Soumission de jobs de type batch

Des exemples de fichiers de soumission sont disponibles sur la page de la grappe tycho ainsi que la description des commandes SLURM

Un modèle simple de script exemple.slurm :

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=MonProg {Nom du programme}
#SBATCH --partition=def    {La file d'attente}
#SBATCH --account=obspm    {Le compte}
#SBATCH --time=1-23:00:00  {Le temps sous la forme J-HH:MM:SS}
#SBATCH -n 12              {Le nombre de coeurs}
#SBATCH --mem=1gb          {La mémoire demandée}
./nom_de_l_executable      {Le programme a lancer}

Le script est à soumettre avec la commande :

/usr/bin/sbatch exemple.slurm

Soumission de jobs interactifs

Pour la réservation de ressources pour travailler de manière interactive il faut utiliser la commande srun

    srun -p [partition] -t [tempsMinute] -J [NomJob] --mem=[memoire] --account [account] --pty bash

exemple : 
srun -p def -t 10 -J test_interactif --mem=1g --account obspm --pty bash

Pour avoir le numero du job qui s'affiche dans le prompt il faut ajouter dans votre fichier ~/.bashrc la ligne

    PS1='\u@\h${SLURM_JOBID:+:$SLURM_JOBID}:\w\$ '